Aygen Eker 1941 yılında İstanbul'da doğdu. Orta öğretimini Kandilli Kız Lisesinde, Lise öğretimini Erenköy Kız Lisesi'nde yaptı. 1965 yılında İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi'nden mezun oldu. Avukatlık stajını yapıp, İstanbul Barosunda 5 yıl serbest Avukatlık yaptıktan sonra, 1972 yılında London Pilmon School'da 6 ay ingilizce kurslarına devam etti. 1973 yılında Altan EKER'le evlendi. 2 çocuk sahibi (Nevra Eker ve Ahmet Eker).

Halen Eker Süt Ürünleri A.Ş.'nin avukatlığını ve hukuk danışmanlığını yapmaya devam etmektedir.