Amasya Genelgesi'nde, İstanbul Hükümeti'nin şiddetle eleştirilmesi, İçişleri Bakanı Ali Kemal'i çok rahatsız etmişti. Bu nedenle, valiliklere 23 Haziran 1919 tarihinde gönderdiği gizli şifrede Mustafa Kemal Paşa'nın görevinden alınmış olduğunu belirterek, Paşa ile hiçbir resmi yazışmaya girilmemesini emretmişti. Mustafa Kemal'in Erzurum'a gidişine kadar; İstanbul ile arasındaki gerginlikte bir yumuşama olmadı. Bunun üzerine, 30 Haziran 1919'da Harbiye Nazırı (Savaş Bakanı), kendisine padişahın bir emrini iletti. Bu emirde, Paşa'ya rapor olarak Anadolu'nun bir köşesinde dinlenmesi öneriliyordu. Mustafa Kemal buna da uymayınca, Harbiye Nazırı padişah adına İstanbul'a dönmesini emretti. Mustafa Kemal Paşa 8/9 Temmuz gecesi Sarayla telgraf başında sert bir tartışmaya girdi. İstanbul'a geri dönmesi bunu yapmazsa resmi görevinin biteceği konusunda bir kere daha uyarıldı. Sonuçta, Mustafa Kemal'in görevinden alındığı duyurulunca, Paşa da bu karardan hemen sonra, askerlikten istifa ettiğini ve artık Anadolu'da "kutsal amaç için her türlü özveri ile çalışmak üzere milletin bağrında bir ferdi mücahit (sıradan bir savaşçı) gibi çalışacağını" açıkladı. Yine aynı gün İngiliz albayı Rawlinson, ertesi günü toplanacak olan kongrenin zor kullanılarak dağıtılacağı tehdidinde bulundu ve bu hareketi nedeniyle, Paşa tarafından nazikçe kovuldu. İstanbul Hükümeti, 15. Kolordu Komutanı Kâzım Karabekir Paşa'ya, Mustafa Kemal Paşa'yı tutuklaması için emir verdiyse de, Kazım Paşa, herşeyin bilincinde olduğundan, Mustafa Kemal'i tutuklamak bir yana, karşısında selam durarak, "Ben ve Kolordum emrinizdeyiz. Bundan sonra dahi ne emriniz varsa, yerine getirmeyi bir şeref bilirim." diyerek ona bağlılığını bildirdi.

Bu gelişmelerden sonra, 23 Temmuz 1919'da Erzurum Kongresi toplandı. Bu yerel kongre, Şark Vilayetleri Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti (Doğu illerinin haklarını koruma derneği) tarafından düzenlendi. Böyle bir kongreye gidilmesinin nedeni; Mondros Mütarekesi'nin öngördüğü Doğu Vilayetleri'nin Ermenistan'a verilmesini önlemekti. Kongre; Bitlis, Erzurum, Sivas, Trabzon ve Van illerinden gelen 54 delege ile toplandı. Kongre başkanlığına Mustafa Kemal Paşa seçildi ve yalnız Doğu Anadolu ile ilgili değil, bütün yurdu ilgilendiren aşağıdaki kararlar alındı:

1. Milli sınırlar içinde vatan, ayrılık kabul etmez bir bütündür.

2. Her türlü yabancı işgal ve müdahelesine karşı ve Osmanlı Hükümeti'nin çökmesi halinde millet, birlik olarak yurdu koruyacak ve kollayacaktır.

3. Vatanın bağımsızlığını korumaya Osmanlı Hühümeti'nin gücü yetmezse, bu amacı gerçekleştirmek için geçici bir hükümet kurulacak ve bu yürütme kurulu Milli Kongre tarafından seçilecektir. Kongre toplantı halinde değilse, bu görevi Temsilciler Kurulu yapacaktır.

4. Milli güçleri etken ve millet iradesini egemen kılmak esastır.

5. Hristiyan halka siyasi egemenliğimizi ve sosyal düzenimizi bozacak haklar verilemez.

6. Manda ve himaya kabul edilemez.

7. Milli Meclis'in derhal toplanması ve hükümet işlerinin bu yolla denetlenmesini sağlamak için çalışılacaktır.

Erzurum Kongresi'nde Milli egemenlik ilkesini temel alan bir hükümet kurulması, Kuva-yı Milliye'nin belirleyici kabul edilmesi, her türlü yabancı yönetiminin reddedilmesi ve vatanın bir bütün olarak kabul edilmesi konusunda alınan kararlar, kongrenin en önemli kararlarıdır. Kongre, dokuz kişiden oluşan Temsilciler Kurulu (Heyet-i Temsiliye) Başkanlığı'na Mustafa Kemal Paşa'yı seçmiştir. Bu kurulun, geçici bir bakanlar kurulu gibi hareket ettiğini söyleyebiliriz. Erzurum Kongresi, yukarıdaki kararlarının yanı sıra, daha sonra Misak-ı Milli (Ulusal Ant) adı ile kabul edilen belgeye temel oluşturacak görüşleri de benimsemiştir. Bu kongre ile, Milli mücadele üst düzeyde bir yömenetim organına ve siyasi bir programa kavuşmuştur.

Önemi:

1. Bu kongrede yeni bir devletin kurulması düşüncesi belirtilmiştir. Kongre, ayrıca Doğu Anadolu Bölgesi'ndeki tüm, "ulusal hakları savunma örgütlerini" de birleştirmiştir.

2. Bu kongre, Sivas Kongresi'ne ışık tutmuş, ulusal birlik yolunda atılan önemli bir adım olmuştur.

3. Ulusal Egemenliğin koşulsuz olarak gerçekleştirilmesine, ilk kez bu kongrede karar verilmiştir.

4. Yeni bir devletin kurulması düşüncesi, manda ve himaye fikrinin reddi yabancı azınlıklara ayrıcalık verilmemesi, ilk kez bu kongrede ortaya konmuştur.

5. Erzurum Kongresi, bölgesel bir kongre olmasına karşın alınan kararlar, ülkenin tümüne yönelikti. Bu da kongrenin önemimini artırmıştır.

Kongrenin aldığı kararlar, Misak-ı Milli'de de yer almıştır.