Freud'un getirdiği en önemli kavramlardan biri bilinçaltı (unconscious) kavramıdır. Bilinçaltı farkında olmadığımız arzu, istek, dürtü, duygu, düşüncelerin depolandığı büyük hazneyi temsil eder. İd'in tümü, ego'nun bir kısmı ve üst-ben'in büyük bir kısmı bilinçaltında kalır. Yakın bir arkadaşımıza duyduğumuz derin kin kendini bilinçaltında saklar. Bilinçaltındaki bu arzu, istek, dürtü, duygu, ve düşünceler sürekli davranışı etkiler, ne var ki biz bu etkinin farkında olamayız.

Bilinç öncesi bir düşüncenin o anda farkında olmasak da istediğimizde farkına varabiliriz. Örneğin, şu anda halanızın adını düşünmüyorsunuz ama, bu cümleyi okurken, halanızın adını hatırladınız. Halanızın adı bilinç öncesinden bilinç düzeyine gelmiştir. Bir başka deyimle bilinç öncesi kavramı daha önce incelemiş olduğumuz uzun süreli bellek kavramını karşılar.

Freud'un bilinci üç aşamaya ayırması ve bilinçaltına büyük bir kudret vermesi birçok yönlerden eleştirilmiştir. Bu eleştirilerden bir kısmı "insan nedir?" sorusuna verilen felsefi cevaplarda yatar. İnsanın akılcı, kendi kaderini tayin eden yaratıklar olduğuna inananlar, bilinçaltının elinde oyuncak olan bir insan anlayışını kabul etmek istemezler. Eleştirilerden bir diğeri de, Freud'un kavramlarının "denenebilirliği" ile ilgilidir. Bilincin üç aşamasıyla ilgili ölçülebilen deneysel verilerin yokluğu, bu tür deneylerin yapılabilmesinin hemen hemen olanaksız denecek kadar zor oluşu, bu kavramların bilimsel geçerliğine kuşku getirmiştir.