Pankreasın diğer önemli bir hormonu olan glukagon ise alfa hücrelerinde salgılanır. İnsülinin etkisine zıt bir faaliyet gösterir. Yani kan şekerinin yükselmesine sebep olur. Bu hormon , karaciğerdeki glikojenin yıkılarak glukoz haline geçmesini (glikojenolizis) sağlar ve kandaki glukoz yoğunluğunu yükseltir. Böylece insülin ve glukagon kandaki şeker miktarını en uygun seviyede tutmak üzere karşılıklı olarak faaliyet gösterirler.