1963 yılında Bozüyük'te doğan Muzaffer Doğan, orta ve lise öğrenimini Eskişehir'de tamamladı. Üniversite öğrenimini Marmara Üni. Fen-Ed. Fak. Tarih Bölümü'nde yaptı ve 1986 tarihinde mezun oldu.

Aynı Üniversitenin Sosyal Bilimler Enstitütsü'nde Yüksek Lisansını 1989'da, doktorasını 1995 senesinde bitirdi. Aynı zamanda 1987-89 tarihleri arasında Başbakanlık Devlet Arşivleri'nde Uzman Yardımcısı olarak görev yaptı. 1989 Ağustosu'nda Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fak. Tarih Bölümü'ne Araştırma Görevlisi ünvanıyla girdi. Halen aynı bölümde Yrd. Doç. Dr. olarak göreve devam etmektedir. Evli ve iki çocuk babasıdır.